Spektrophotometrische DNA Quantifizierung

Für rasche und akkurate DNA Quantifizierungen benutzen wir ein NanoDrop™ Spektrophotometer (Thermo Scientific™). Nur 1–2µL Probe genügen um die DNA Konzentrationen zu messen und die Qualität eines DNA-Extraktes zu beurteilen.

 

Droplet Digital™ PCR

Dabei handelt sich um eine neue, automatisierte Methode der absoluten DNA Quantifizierung während der PCR (Polymerasekettenreaktion). Gegenüber herkömmlichen Verfahren wie der qPCR hat die ddPCR™ unter anderem den Vorteil, dass die Quantifizierung absolut erfolgt und somit keine Standardkurven als Vergleich benötigt werden. Insbesondere bei geringen DNA-Mengen, welche oft in Umweltproben zu finden sind, erweist sie sich äußerst robust und zuverlässig.

 

Quantitative PCR (qPCR)

Bei dieser auch als Real-Time PCR (RT PCR) bezeichneten Methode handelt es sich um ein Verfahren, bei welchem neben der Vervielfältigung  auch die Quantifizierung von DNA-Abschnitten stattfindet. Dabei wird die Zunahme der gewonnenen DNA-Moleküle im Zuge der Reaktion mittels Fluoreszmessungen erhoben. Die Erhebung der DNA-Menge erfolgt in der exponentiellen Phase, also in jenem Zeitraum der PCR, in dem optimale Reaktionsbedingungen herrschen. Eine Quantifizierung erfolgt anhand des Abgleichs mit internen Kontrollen.

 

Semiquantitative Analyse

Über das Verhältnis der Anzahl an Proben, welche auf die DNA einer bzw. mehrerer Arten positiv getestet wurden – d.h. die gesuchte/n Art/en kommen in der Probe vor (z.B. Wasser, Kot oder Darminhalt) – zu der Anzahl jener Proben, in denen die Art/en nicht nachweisbar sind (die Art kommt nicht vor/ wurde nicht gefressen), lassen sich auch Abschätzungen über die Häufigkeit der Zielart/en machen.