DNA-Extraktion
Basierend auf unserer Erfahrung wählen wir aus unterschiedlichen Extraktionsverfahren die optimale Variante für den jeweiligen Probentyp aus, um so hochqualitative DNA (und auf Wunsch auch RNA) zu gewinnen.
Alle DNA-Extraktionen werden automatisiert durchgeführt, um Kontaminationen ausschließen zu können und höchste Qualität zu garantieren.
Diagnostische PCR
Mit der diagnostischen PCR lassen sich auch geringste Mengen an Ziel-DNA aufspüren. Damit kann das Vorkommen oder Fehlen einer Art rasch und treffsicher überprüft werden. Die diagnostische PCR basiert auf der Verwendung spezifischer Sonden, welche exakt auf die gesuchte DNA passen. Bei Vorhandesein des Zielorganismus, ist die Probe positiv, bei dessen Abwesenheit negativ. Alle von uns angewandten diagnostischen Ansätze sind hinsichtlich ihrer Spezifität und Sensitivität optimiert.
Sinsoma bietet drei unterschiedliche PCR-Verfahren für den diagnostischen Nachsweis von Arten an, womit wir unseren Kunden die jeweils optimale Lösung für ihre spezifische Fragestellung anbieten können:
- qPCR (Quantitative PCR )
- cePCR (Endpunkt PCR mit Kapillarelektrophorese)
- ddPCR (Droplet Digital PCR)
Für eine gezielte Suche nach Arten
- Eine Umweltprobe (z.B. Wasser, Sediment, Boden etc.) dient als Ausgangsmaterial.
- Die gesamte DNA der Probe wird extrahiert.
- Suche nach DNA einer oder mehrerer Zielart(en) mittels spezifischer und hoch-sensitiver molekularer Sonden.
- Bestimmung des Vorhandenseins bzw. Fehlens der Zielart(en) in Ihren Umweltproben.
Das Ergebnis
- Bericht inkl. Übersicht über den angewandten methodischen Ansatz.
- Information über die Präsenz/Absenz der von Ihnen gesuchten Zielart(en) in Ihren Proben
- Exceltabelle, welche die Datengrundlage für Maßnahmen zum Schutz von Gesundheit
und Umwelt liefert.
Die diagnostische PCR eignet sich zum Nachweis von
- Invasiven Arten (z.B. Signalkrebs, Quaggamuschel)
- Geschützten Spezies, FFH-Arten (z.B. Schlammpeitzker, Moorfrosch, Kammmolch)
- Pathogenen (z.B. Krebspest, Amphibienpilze Bd, Bsal)
- Parasiten (z.B. Bettwanze, Varroamilbe)
DNA-Barcoding
Ähnlich wie die Erkennung von Produkten durch Einscannen des Strichcodes im Supermarkt, erfolgt die Identifikation einer Art anhand von ausgewählten DNA-Abschnitten. Diese sogenannten DNA-Barcodes erlauben eine eindeutige und zuverlässige Artbestimmung von Tieren, Pflanzen, Pilzen und Bakterien. Die molekulare Artbestimmung ist unabhängig vom Entwickungszustand (Ei, Larve, adult).
Für eine DNA-basierte Artidentifikation
- Die DNA eines unbekannten Organismus wird extrahiert.
- Ein bestimmter DNA-Abschnitt, welcher sich gut zur Identifikation eignet wird vervielfältig und gelesen.
- Bioinformatische Analyse zur Identifikation des Organismen durch Vergleich mit Sequenzdatenbanken.
Ihr Ergebnis
- Bericht, inkl.Übersicht über den angewandten methodischen Ansatz.
- Liste der identifizierten Arten als Excel-Tabelle.
- Auf Wunsch ein DNA-basiertes Artzertifikat.
DNA-Metabarcoding
Beim DNA-Metabarcoding wird die ganze Artenvielfalt in einer Probe auf einmal analysiert und ausgewertet. Dieses Verfahren wird für Proben eingesetzt, welche DNA von mehreren Arten enthalten (z.B. Wasser, Honig, Boden, Staub, Kot). Es erlaubt die gleichzeitige Bestimmung verschiedener Tier-, Pflanzen, Bakterien- oder Pilzarten aus Umwelt- bzw. Lebensmittelproben.
Mit dem DNA-Metabarcoding wird Artenvielfalt meßbar. Das macht es zu einem leistungsstarken Werkzeug, sowohl bei Biodiversitätsstudien als auch für die Erreichung der SDGs eines Unternehmens. Mit diesem Verfahren kann die Zusammensetzung von Artengemeinschaften, welche in einem bestimmten Lebensraum vorkommen, identifiziert werden. Durch mehrmalige Probenahmen können auch Veränderungen über die Zeit erfasst oder ein Ist-Zustand vor und nach gesetzten Maßnahmen evaluiert werden.
Für die Erhebung des Artenspektrums
- Eine Umweltprobe (z.B. Wasserprobe, Sediment, Boden) dient als Ausgangsmaterial.
- Die gesamte DNA der Probe wird extrahiert.
- Suche nach der DNA einer oder mehrerer Organismengruppen (z.B. Fische, Pflanzen) mittels Metabarcoding.
- Bioinformatische Analyse zur Identifikation der Organismen in Ihren Umweltproben.
Ihr Ergebnis
- Verständlicher Bericht, der die Datengrundlage für Maßnahmen zum Schutz von Gesundheit
und Umwelt liefert. - Übersicht über den angewandten methodischen Ansatz.
- Information über das in ihrer Probe gefundene Artenspektrum inkl. der Sequenzzahl.
- Interaktive Kreisdiagramme zur grafischen Erkundung der Artenzusammensetzung (Krona Charts).
Das Metabarcoding eignet sich
- Um Artenvielfalt messbar zu machen
- Für Biodiversitätsmonitoring und Naturschutz
- Für ein SDG Reporting
- Zur Überprüfung von Renaturierungs- und Schutzmaßnahmen
- Zur Idenktifikation von Nahrungsspektren